Viral Metagenomik Dizileme ve Analizi (Virom Analizi)

Viral Metagenomik Dizileme (Virom Analizi), bir örnek içerisinde bulunan tüm viral genetik materyalin (DNA ve RNA virüsleri) önceden hedeflenmiş bir kültür veya spesifik primer seti gerekmeksizin doğrudan Yeni Nesil Dizileme (NGS) teknolojisi ile haritalandırılması işlemidir. Bakteriyel metagenomikten farklı olarak virüslerin ortak bir korunmuş gen bölgesi (16S gibi) bulunmadığı için Shotgun RNA/DNA dizileme protokolleri uygulanır. Bu yöntem; bilinen patojenlerin yanı sıra yeni, mutasyona uğramış veya nadir virüs etkenlerinin bütüncül olarak tanımlanmasını sağlar.

Temel Özellikler ve Avantajlar

1. Kültürden ve Primerden Bağımsız Tespit: Özel çoğaltma adımlarına ihtiyaç duymadan, klinik veya çevresel örneklerdeki bilinen ve bilinmeyen tüm viral genomları eş zamanlı tespit eder.
2. DNA ve RNA Virüs Kapsamı: Çift zincirli/tek zincirli DNA virüsleri ile zarflı/zarfsız RNA virüslerinin (Retro virüsler dahil) tamamını kapsayan kütüphane hazırlık protokolleri.
3. Derin Biyoenformatik Filtreleme: Konakçı (insan, hayvan veya bitki) DNA/RNA'sının biyoenformatik yöntemlerle ayıklanması (dehosting) sayesinde viral verinin netliğini ve çözünürlüğünü artırma.
4. Erken Patojen Keşfi: Henüz tanısal PCR panellerinde yer almayan yeni mutant suşları veya yeni ortaya çıkan zoonotik (hayvandan insana geçen) virüsleri keşfetme gücü.
5. 
   

Viral Metagenomik ve Rutin Viral PCR Panellerinin Karşılaştırması

Kullanım ve Uygulama Alanları

1. Etiyolojisi Bilinmeyen Enfeksiyonlar: Standart mikrobiyolojik ve PCR testleriyle etkeni saptanamayan ensefalit, hemorajik ateş veya ağır solunum yolu enfeksiyonlarında etken tespiti.
2. Halk Sağlığı ve Epidemiolojik Sürveyans: Salgın riski taşıyan yeni zoonotik virüslerin takibi ve küresel sürveyans ağlarına veri sağlanması.
3. Klinik Transplantasyon ve Viroloji: Organ nakli öncesinde veya immünsüpresif hastalarda fırsatçı viral enfeksiyonların (CMV, EBV, BK virüs vb.) ve latent virüs yükünün takibi.
4. Atıksu ve Çevre Epidemiolojisi: Şehir atıksularında veya hayvansal rezervuarlarda dolaşan viral popülasyonların gerçek zamanlı izlenmesi.

Nucleus Genetics Farkı: Etkin konakçı DNA/RNA uzaklaştırma (dehosting) wet-lab protokollerimiz, de novo viral montaj algoritmalarımız ve güncel viral veri tabanları (NCBI RefSeq, GISAID) entegrasyonumuzla karmaşık örneklerdeki en düşük viral kopya sayılarını bile tespit edilebilir verilere dönüştürüyoruz.