COVID-19 (SARS-CoV-2) Genom Dizileme Analizi
COVID-19 Genom Dizileme, SARS-CoV-2 virüsünün tüm RNA genomunun Yeni Nesil Dizileme (NGS) platformları kullanılarak haritalandırılması işlemidir. Bu analiz; virüsün evrimini, ortaya çıkan yeni varyantları (Alpha, Delta, Omicron ve alt türevleri), bulaşıcılık ve bağışıklıktan kaçış potansiyellerini moleküler düzeyde izlemek için kullanılan altın standart yöntemdir.
Temel Özellikler ve Avantajlar
- Tam Genom Kapsamı (Whole Genome Sequencing): SARS-CoV-2 virüsünün yaklaşık 30.000 baz çiftinden oluşan genomik diziliminin tamamını eksiksiz olarak okur.
- Varyant ve Suş Tanımlama: Dünya Sağlık Örgütü (WHO) ve CDC tarafından tanımlanan "Endişe Verici Varyantlar" (VOC) ve "İzlenen Varyantlar" (VOI) dahil tüm mutasyon profilini yüksek doğrulukla saptar.
- Spike (S) Proteini Mutasyon Taraması: Virüsün hücreye girişini sağlayan Spike proteinindeki mutasyonları belirleyerek aşı ve antikor tedavilerinin etkinliğini değerlendirmeye yardımcı olur.
- Filogenetik ve Epidemiyolojik Takip: Salgının yayılım yollarını, bulaş zincirlerini ve bölgesel mutasyon birikimlerini filogenetik ağaçlar aracılığıyla haritalandırır.
Dizileme Yöntemleri ve Karşılaştırma
| Özellik | Targeted NGS (Amplikon Dizileme) | Whole RNA Transcriptome Sequencing |
| Yaklaşım | Virüse özgü primers setleri (Örn: ARTIC Network) | Örnekteki tüm RNA'nın dizilenmesi |
| Hassasiyet | Düşük viral yüklerde (yüksek Ct değerleri) bile yüksek başarı | Yüksek viral yük gerektirir |
| Viral Odak | Yalnızca SARS-CoV-2 genomuna odaklanır | Virüs + Konakçı (insan) yanıtını analiz eder |
| Kullanım Amacı | Rutin varyant sürveyansı ve salgın takibi | Ar-Ge, ko-enfeksiyon ve konakçı yanıtı araştırmaları |
Kullanım ve Uygulama Alanları
- Halk Sağlığı ve Moleküler Sürveyans: Toplumda dolaşan viral suşların gerçek zamanlı takibi ve olası salgın dalgalarının önceden tespiti.
- Klinik Araştırmalar ve İlaç/Aşı Geliştirme: Virüsteki kaçış mutasyonlarının belirlenerek aşı güncellemelerine ve antiviral ilaç tasarımlarına veri sağlanması.
- Hastane Enfeksiyon Kontrolü (Nosokomiyel Bulaş): Sağlık kuruluşları içindeki bulaş zincirlerinin ve kümelenmelerin (outbreak) doğrulanması.
- Atıksu Sürveyansı (Wastewater Epidemiology): Şehir veya tesis atıksularından elde edilen SARS-CoV-2 RNA'larının dizilenerek toplum geneli enfeksiyon trendlerinin izlenmesi.
Nucleus Genetics Farkı: Hızlı ve yüksek hassasiyetli NGS altyapımız, uluslararası GISAID veri tabanı entegrasyonlu biyoinformatik analiz sistemlerimizle viral genom verilerini anlık ve güvenilir klinik/epidemiyolojik raporlara dönüştürüyoruz.
Uzman Desteği
Bu Hizmet Hakkında Bilgi Alın
Uzman ekibimiz sorularınızı yanıtlamak ve size özel çözümler sunmak için hazır.
İletişim Formu →